Existuje mnoho typů organismů zapojených do biologické čištění odpadních vod, zejména následující:
Bakterie: Mezi organismy používanými při čištění odpadních vod jsou bakterie nejmenší. Má schopnost rozkládat a absorbovat různé organické hmoty za aerobních a anaerobních podmínek. Existuje několik typů bakterií, které hrají roli v biologické čištění odpadních vod, jako jsou flocs, sférické bakterie, nitrifikační bakterie, deditrifikační bakterie a polyfosfátové bakterie.
Flocs: Téměř ve všech aerobních biologických ošetřeních, jako je metoda aktivovaného kalu a metoda biofilmu. Je to hlavní organismus, který tvoří biologické floc a biofilmy, a obsahuje nespočet bakterií v koloidu. FLOC jsou heterotrofní bakterie.
Sférické bakterie: Bakterie jsou uspořádány v řadě v vláknitém tvaru, obvykle bílé nebo šedé, a jsou nejčastějším typem bakterií. Rozsáhlá reprodukce v aktivovaném kalu způsobí, že aktivovaný kalem zvětší, což poškodí čištění odpadních vod. Sférické bakterie jsou heterotrofní bakterie.
Nitrifikační bakterie: Bakterie, které oxidují dusík amoniaku na dusitanu a oxidují dusitan na dusičnan za aerobních podmínek. Nitrifikační bakterie jsou autotrofní bakterie.
Denitrifikační bakterie: Za anaerobních podmínek (bez rozpuštěného kyslíku) mohou používat kyslík (kombinovaný kyslík) v dusičnánech k oxidaci a rozložení organické hmoty a snížit dusitan nebo dusičnan na plyn dusík. Nitrifikační bakterie jsou heterotrofní bakterie.
Polyfosfátové bakterie: pod anaerobním (bez rozpuštěného kyslíku, dusičnanu a dusitanu) a aerobní střídavé podmínky mají nadměrnou kapacitu absorbovat fosfor. Polyfosfátové bakterie jsou heterotrofní bakterie.
Protozoa: Protozoa má schopnost spolknout organickou hmotu a bakterie v odpadních vodách a rychle je oxidovat a rozkládat v těle. Proto v metodě aktivovaného kalu a metody biofilmu mohou kromě odstranění organické hmoty a zrychlení rozkladu organické hmoty také regenerovat povrchovou adsorpční kapacitu biofilmu. Protozoa jsou jednobuněčné aerobní organismy.
Řasy: řasy jsou rostliny, které obsahují chlorofyl. Když chlorofyl absorbuje oxid uhličitý a vodu pro fotosyntézu k produkci uhlohydrátů, uvolní do vody velké množství kyslíku. Stabilizační rybníky používají tento kyslík k oxidaci organické hmoty v odpadních vodách.
Metazoa: výše uvedené organismy jsou všechny jednobuněčné organismy, zatímco metazoa jsou o něco složitější. Vzhledem k jejich vícebulené struktuře mají také různé orgány ve svých tělech. Metazoa zapojené do čištění odpadních vod zahrnují malé rotifers k větším typům, jako jsou brouci a larvy hmyzu, které žijí v biofilterech.
