SCR reaktor má formu pevného lože a katalyzátor je umístěn v modulu. Počet vrstev katalyzátoru v reaktoru závisí na požadovaném povrchu katalytické reakce.
Typickým uspořádáním je uspořádání dvou až tří vrstev katalyzátoru. Nad horní vrstvou katalyzátoru je rektifikační vrstva bez katalyzátoru, která se používá k zajištění rovnoměrné distribuce spalin při vstupu do vrstvy katalyzátoru. Obvykle je pod třetí vrstvou katalyzátoru volný prostor pro přidání čtvrté vrstvy katalyzátoru, když aktivita katalyzátoru klesá. Mezi vrstvami katalyzátoru v reaktoru je umístěno zařízení pro vyfukování sazí a doba vyfukování a vymetání sazí je 30 až 120 minut, 1 až 2krát týdně.
V případě potřeby by mělo být uvnitř reaktoru prováděno pravidelné čištění. Pod reaktorem se nachází násypka popela, která je napojena na systém vypouštění popela elektrárny pro pravidelné vynášení popela.
